為配合南科三期擴建，台南市政府持續推動南科特定區A、B、C、D、E、N、O等7區都市計畫整體開發作業，南科周邊成為台南市發展最快速地區，但也與鄰近維持傳統農村的山上、大內等地，形成明顯城鄉差距。以房價為例，南科周邊善化、新市，房價已漲到每坪20萬元，安定的農地每分上看1200萬元，鄰近的大內、山上區，離南科較遠，沒有繁華的商業區，人口近年已負成長。 立委郭國文表示，過去南科以生產基地為規畫概念，但現在應與生活圈概念一同規畫，除對A、B、C、N、O等浮動分區一併開發，生活機能、先進運輸也要同步進行，才能讓南科發展效益輻射出去。