稅捐機關表示，宗教財團法人附設醫院經衛生福利部依醫療法第119條規定要求補正，嗣宗教財團法人將原供附設醫院使用之不動產捐助移轉與經衛生福利部許可新設之醫療財團法人，屬配合政府法令規定辦理，與一般所有權移轉情形不同，該次移轉不課徵土地增值稅。

稅捐機關說明，財政部為考量宗教財團法人將原供附設醫院使用之不動產捐助移轉與經衛福部許可新設之醫療財團法人，屬配合政府法令規定辦理，與一般所有權移轉情形不同，該次移轉不課徵土地增值稅，係為減輕醫院租稅負擔，提高配合意願，達到醫療法保障病人權益，增進國民健康之目的。但上述土地於再移轉第三人時，應以該土地無償移轉前之原規定地價或前次移轉現值為原地價，計算漲價總數額，課徵土地增值稅。